Le réseau FNE Bourgogne Franche-Comté se compose de fédérations départementales : Jura Nature Environnement (JNE), FNE 70 (associations de Haute-Saône), FNE Doubs, FNE Territoire de Belfort (FNE90), CAPEN71, CAPREN (21), qui elles-mêmes fédèrent plus de 200 associations sur le plan local
FNE Bourgogne Franche-Comté fédère également des associations régionales (Commission de Protection des Eaux, du Patrimoine, de Environnement, du Sous-sol et des Chiroptères, Vergers vivants, Patrimoine et environnement, l’Association pour la Prévention de la Pollution Atmosphérique) représentant plusieurs dizaines de milliers de sympathisants soucieux de la protection de la nature !
Les collectifs soutenus :